İkinci sezonda hikaye önceki gibi devam eder. Profesör Itsuki'nin Fermentation Cellar ve laboratuvarı çalışmaya hazırdır ve Sawaki Tadayasu'nun mikroplarla iletişim kurma yeteneğiyle, Itsuki'nin öğrencileri farklı fermente ürünler işlerler.

1. 01MoyashimonTV · 2007 · 11 bölümAna hikâye
2. 02Moyashimon: Kin Gekijou DeluxeÖzel · 2007 · 4 bölümYan hikâye
3. 03OVAMoyashimon CGI AnimeOVA · 2010Yan hikâyeKatalogda yok
4. 04Moyashimon ReturnsTV · 2012 · 11 bölümAna hikâyeBuradasın
5. 05MUSWake UpMüzik · 2012Ana hikâyeKatalogda yok

Yayın sırasına göre dizildi (kaynak: AniList). Hikâye içi kronolojik sıra verisi olmadığı için gösterilmez.

Bu animenin dayandığı ya da ondan uyarlanan yazılı eserler.

MangaMoyasimon: Tales of AgricultureManga · 2004 · ★ 7,2

• Masayuki IshikawaOrijinal eser
• Yuuichirou YanoYönetmen
• Takefumi HaketaMüzik
• ClariSTema şarkısı (OP)
• HiiragiTema şarkısı (ED)

1. 01The Story of the Agricultural University Microbes06 Tem 201223 dk
2. 02The 300 Million Yen Agricultural University Student13 Tem 201223 dk
3. 03The Microbes Are Gonna Brew!20 Tem 201223 dk
4. 04Microbes, Microbes Everywhere27 Tem 201223 dk
5. 05Horrors! The Microbe Monster03 Ağu 201223 dk
6. 06Enchanting! Miss Agricultural University10 Ağu 201223 dk
7. 07The Agricultural University Spring Festival Begins!17 Ağu 201223 dk
8. 08The Battle to Capture the Main Gate24 Ağu 201223 dk
9. 09Cling to That Soft Skin31 Ağu 201223 dk
10. 10The Gothic Lolita's Kiss07 Eyl 201223 dk
11. 11A Shining Microbe Future14 Eyl 201223 dk