İkinci seri, ikinci video oyununun olaylarını takip eder ve kayıp kıta Mu'ya odaklanır. Antik uygarlıklar çok önce ortadan kaybolmuş ve bunların kalıntıları hala UMAs (tanımlanamayan yaşam formları) olarak efsaneler ve mitler olarak varlığını sürdürmektedir. UMAs, Mu'nun hazinelerini elde etmek için insanlarla birleşmeye başlarlar; bu da onlara Mu'yu yeniden canlandırma gücü verecek güçlü oopartlardır. Subaru ve War-Rock birkaç sıra dışı düşmanla karşılaştıktan sonra, onları oopartları bulmaya ve UMAs'ı durdurmaya gönderen Doktor Orihime adlı bir profesörle tanışırlar. Oopartları kullanarak Rockman yeni formlar alabilir; bunlar arasında Thunder Berserk, Fire Dinosaur ve Green Shinobi bulunur.

1. 01MegaMan NT WarriorTV · 2002 · 56 bölümYan hikâye
2. 02OVAMega Man: Upon a StarOVA · 2002Ana hikâyeKatalogda yok
3. 03MegaMan NT Warrior: AxessTV · 2003 · 51 bölümYan hikâye
4. 04Rockman.EXE AkışıTV · 2004 · 51 bölümYan hikâye
5. 05MOVRockman. EXE Movie: Programs of Light and DarknessFilm · 2005Yan hikâyeKatalogda yok
6. 06Rockman.EXE BeastTV · 2005 · 25 bölümYan hikâye
7. 07Megaman X - The Day of SigmaOVA · 2005 · 1 bölümYan hikâye
8. 08Rockman.EXE Canavar+TV · 2006 · 26 bölümYan hikâye
9. 09Megaman Star ForceTV · 2006 · 55 bölümAna hikâye
10. 10Megaman Star Force TribeTV · 2007 · 21 bölümAna hikâyeBuradasın

Yayın sırasına göre dizildi (kaynak: AniList). Hikâye içi kronolojik sıra verisi olmadığı için gösterilmez.

• CapcomOrijinal eser
• Takao KatoYönetmen
• Shingo AdachiKarakter tasarımı
• Misato FukuenTema şarkısı
• Takao KatoStoryboard
• Akira TakahashiAnimasyon yönetmeni
• Masaaki TakiyamaAnimasyon yönetmeni (15, 16. bölüm)
• Sunao ChikaokaAna animasyon (OP)

1. 01The Inheritance of Muムーの遺産03 Kas 200710 dk
2. 02The Seal of Muムーの封印10 Kas 200710 dk
3. 03Burai's Attackブライの襲撃17 Kas 200710 dk
4. 04Come Forth, Sword of Berserk!発動、ベルセルクの剣！24 Kas 200710 dk
5. 05The Yeti of the Himanalasヒマナラの雪男01 Ara 200710 dk
6. 06The Mu Ruins of the Himanalasヒマナラのムー遺跡08 Ara 200710 dk
7. 07Hyde and Ghostハイドとゴースト15 Ara 200710 dk
8. 08Sword of Trials試しの剣22 Ara 200710 dk
9. 09The Truth About Dossyドッシーの真相05 Oca 200810 dk
10. 10Brachio's Wishブラキオの願い12 Oca 200810 dk
11. 11Infiltration! Nansca Village潜入！ナンスカ村19 Oca 200810 dk
12. 12Terrifying God恐怖の神様26 Oca 200810 dk
13. 13Training de Osaru修行でおさる02 Şub 200810 dk
14. 14OOPart of the Ninja Mansion忍者屋敷のオーパーツ09 Şub 200810 dk
15. 15Three-way OOPart Struggle三つ巴、オーパーツ争奪戦16 Şub 200810 dk
16. 16An Absurd Strategy!?ベラボーな作戦！？23 Şub 200810 dk
17. 17Hyde's Schemeハイドの策略01 Mar 200810 dk
18. 18Orihime's True Colorsオリヒメの正体08 Mar 200810 dk
19. 19Empty of Naught無のエンプティ15 Mar 200810 dk
20. 20The Soldier of Loneliness, Burai孤高の戦士ブライ22 Mar 200810 dk
21. 21The Duel of the Continent Muムー大陸の決闘29 Mar 200810 dk